Dipartimento Struttura e SediInfrastruttura IMPACT
Infrastruttura IMPACT (Integrative Multi-omics PlAtform for preCision and Translational medicine)
Il Dipartimento di Scienze Biomediche Sperimentali e Cliniche “Mario Serio” dispone dell’infrastruttura IMPACT (Integrative Multi-omics PlAtform for preCision and Translational medicine) a supporto della medicina di precisione, che include strumentazioni e risorse dedicate alla ricerca in ambito preclinico, computazionale e clinico.
L'infrastruttura è composta da più piattaforme:
Piattaforma per l'allestimento del campione biologico
- Microscopio confocale con camera per time-lapse (SP8 Leica)
- Microscopio a super-risoluzione (SP8 STED 3X Leica)
- Citometro a flusso (BD FACSCanto II Analyzer)
- Cell sorter (BD FACS Melody Cell Sorter)
- IVIS Lumina S5 (PerkinElmer)
- Microscopio a Microdissezione Laser Serie LMDS con LED per luce trasmessa (Leica LMDS)
- Piattaforma per preparazione di campioni istologici compreso processatore e inclusore, coloratore e immunocoloratore, strumenti di taglio per preparazione di campioni paraffinati e criostatati e strumentazione per acquisizione immagine (Leica)
Piattaforma per la biopsia liquida
- CytoFLEX flow cytometer per la rilevazione di particelle con basso indice di rifrazione (come le EVs)
- Nanoimager ONI, microscopio da banco a super-risoluzione per l’imaging a singola molecola e la caratterizzazione multiparametrica delle vescicole extracellulari (EVs) in fluidi biologici
- Parsortix™ Technology (Angle PLC, Surrey, UK), dispositivo microfluidico per la separazione di cellule in sospensione basata su dimensione e deformabilità
- Le cellule recuperate possono essere ulteriormente ordinate e analizzate a livello di espressione antigenica mediante la piattaforma DEPArray (Menarini Silicon Biosystems)
Profilazione Omics
- Illumina NextSeq 2000 per sequenziamento di esomi, trascrittomi e genomi
- Nanostring CosMx, per analisi di trascrittomica e proteomica spaziale a singola cellula, dalla preparazione del campione all’analisi bioinformatica
- 10X Genomics Chromium system (10x Genomics) per analisi di trascrittomica e ATAC-seq a singola cellula
- Strumenti Agilent Intuvo 9000/5977B GC/MSD e LC-MS Agilent 6546 per analisi metabolomiche
- Seahorse XFe96 Analyzer per analisi metaboliche funzionali
Piattaforma per analisi e storage dati omics (Florence Omics Warehouse, FLOW)
- Tre nodi HPC (192 core e 3,5 TB di RAM complessivi) HPE
- Nodo di archiviazione Qumulo (110 TB), con accesso sicuro dedicato alla memorizzazione, gestione e analisi di grandi dataset omici